BioKG中文版

生物医学知识
图谱分析

用自然语言提出一个生物医学问题。BioKG 会基于精选文献与 20+ 结构化数据库，构建带证据支撑的知识图谱并返回分析结果。

数据库覆盖范围

40.8M
文献规模
PubMed 文献条目
1.04B
句子规模
已解析文本片段
12.2M
实体规模
唯一生物医学概念
39.0M
关系规模
从文献中抽取的关系

实体类型

448.6M 次提及
疾病165.6M (36.9%)
化合物145.1M (32.3%)
基因73.6M (16.4%)
物种48.1M (10.7%)
细胞系8.2M (1.8%)
突变8.1M (1.8%)

关系类型

39.0M 总计
关联18.1M (46.4%)
治疗7.1M (18.3%)
负相关4.0M (10.2%)
导致3.7M (9.4%)
正相关3.4M (8.7%)
其他2.8M (7.1%)

图谱操作

6

知识图谱构建、扩展与推理

实体标准化
实体标准化
将原始实体提及映射到标准化生物医学本体与标识符。
关系检索
关系检索
在带文献注释的数据库中检索实体对之间的已知关系。
共现评估
共现评估
量化两个实体在生物医学文献中的共现频率。
关系推断
关系推断
基于文本证据与模型推理判断潜在关系类型。
图谱扩展
图谱扩展
按照证据强度扩展图谱邻域并补充相关实体。
网络扩展
网络扩展
围绕指定关注节点进行定向网络扩展。

基因组学

15

基因、蛋白与通路数据库

gnomAD
gnomAD
查询群体变异频率与基因约束性分析数据。
GTEx
GTEx
查看 54 种人体组织中的组织特异性表达模式。
AlphaFold
AlphaFold
检索 AI 预测蛋白三维结构及置信度信息。
RCSB PDB
RCSB PDB
获取实验解析的蛋白结构与大分子复合体数据。
COSMIC
COSMIC
分析肿瘤体细胞突变模式与癌症基因目录。
cBioPortal
cBioPortal
跨大型肿瘤队列进行癌症基因组学分析。
MyGene
MyGene
提供全面的基因注释与跨数据库标识符映射。
Ensembl
Ensembl
查询基因组注释、基因模型和跨物种同源信息。
HGNC
HGNC
获取官方人类基因命名、符号与规范信息。
UniProt
UniProt
检索蛋白序列、功能、修饰与高质量注释。
KEGG
KEGG
关联基因与代谢、信号等生物学通路。
Reactome
Reactome
查看人工整理的生物通路与分子反应关系。
STRING
STRING
检索带置信度评分的蛋白互作网络。
OmniPath
OmniPath
集成信号通路、激酶底物与互作数据库。
精准肿瘤学
精准肿瘤学
提供分子标志物与治疗方案的精准肿瘤学上下文。

药理学

12

药物、化合物与安全性数据库

PubChem
PubChem
查询化合物身份、结构与生物活性测定数据。
RxNav
RxNav
用于药物命名标准化与临床药品信息检索。
DrugBank
DrugBank
整合药物身份、药理作用与靶点信息。
MyChem
MyChem
聚合多来源化学与药物注释数据。
ChEMBL
ChEMBL
提供生物活性测量与药物-靶点作用机制数据。
Open Targets
Open Targets
系统性药物靶点验证与疾病关联证据。
openFDA
openFDA
查询 FDA 不良事件、药品标签与召回信息。
药物警戒
药物警戒
执行上市后药物安全信号检测与分析。
DDI 分析
DDI 分析
进行药物相互作用风险评估及机制分类。
药物研究
药物研究
跨多个数据库整合药物研究画像。
临床指南
临床指南
检索循证临床实践指南。
ClinPGx
ClinPGx
关联遗传变异与药物反应的药物基因组学注释。

临床

7

疾病、变异与临床证据

Monarch
Monarch
跨物种疾病、基因与表型关联检索。
ClinVar
ClinVar
查看临床变异致病性解释与提交记录。
疾病本体
疾病本体
查询标准化疾病分类与本体关系。
MeSH
MeSH
检索医学主题词术语及层级结构。
临床决策
临床决策
面向临床场景进行证据综合与决策支持。
GWAS Catalog
GWAS Catalog
检索已发表的全基因组关联研究结果。
MyVariant
MyVariant
聚合变异层面的功能影响预测与注释。

文献与富集分析

6

文献检索与通路富集

PubMed
PubMed
检索 PubMed/MEDLINE 中 3600 万以上生物医学文献。
GEO
GEO
发现转录组等实验数据集及其元信息。
生物医学检索
生物医学检索
跨数据库进行文献与预印本搜索。
GO 富集
GO 富集
对基因集进行 Gene Ontology 功能富集分析。
KEGG 富集
KEGG 富集
识别显著过度表示的 KEGG 通路。
综合富集
综合富集
整合 GO、KEGG 与 Reactome 的多源基因集富集。